Добрый день, Анжела.
конечно это может быть аллергия. дисбактериоз сам по себе сыпи не вызывает. нарушение микрофлоры кишечника приводит к недостаточному перевариванию веществ и "неправильному их усвоению", и всасыванию продуктов жизнедеятельности микроорганизмов, которых не должно быть в кишечнике новорожденного, если так можно выразиться. отсюда-проявления на коже.
меняйте смесь и лечите дисбактериоз. больше, к сожалению,ничего не могу посоветовать.